Το Κέντρο Εφαρμογών και Υπηρεσιών Ηλεκτρονικής Υγείας ως αυτόνομη παραγωγική δραστηριότητα ιδρύθηκε το 2010 και αποτελεί μετεξέλιξη της δραστηριότητας που ίδρυσε το 1985 ο καθηγητής Στέλιος Ορφανουδάκης (1948 - 2005). Το αρχικό όνομα ήταν «Κέντρο Ιατρικής Πληροφορικής και Τηλεματικών Εφαρμογών στην Υγεία», το οποίο με μεταγενέστερες αλλαγές και επεκτάσεις μετονομάστηκε αρχικά σε «Εργαστήριο Ηλεκτρονικής Υγείας» και αργότερα σε «Εργαστήριο Βιοϊατρικής Πληροφορικής». Αντικείμενο της δραστηριότητας αποτέλεσε εξαρχής η βασική και εφαρμοσμένη έρευνα στην Ιατρική Πληροφορική με έμφαση την ανάπτυξη ολοκληρωμένων δικτύων παροχής υπηρεσιών ηλεκτρονικής υγείας.

Μέσα από τη συμμετοχή σε μεγάλο αριθμό από ευρωπαϊκά, ερευνητικά έργα και διεθνείς συνεργασίες αναπτύχθηκε μία σειρά από τεχνολογίες οι οποίες σήμερα βρίσκουν εφαρμογή στο χώρο της υγείας.

Σημαντικό Σταθμό στην πορεία του Κέντρου αποτέλεσε η υλοποίηση του HYGEIAnet του πρώτου ολοκληρωμένου περιφερειακού δικτύου που περιελάμβανε όλους τους Φορείς Υγείας της Κρήτης καθώς και το ΕΚΑΒ Κρήτης, κι αποτέλεσε τον πρόδρομο των σημερινών εφαρμογών.

Ένας ακόμη σημαντικός σταθμός στην ιστορία του Κέντρου υπήρξε η επιτυχής ολοκλήρωση της υλοποίησης των Ολοκληρωμένων Πληροφοριακών Συστημάτων Υγείας για την 1η Υγειονομική Περιφέρεια Αττικής, τη 2η Υγειονομική Περιφέρεια Πειραιώς και Αιγαίου και την 6η Υγειονομική Περιφέρεια Πελοποννήσου, Ιονίων Νήσων, Ηπείρου και Δυτικής Ελλάδας.

• 1985
  Ίδρυση Εργαστηρίου
• 2001
  Ολοκλήρωση Υλοποίησης HYGEIAnet (1ου ολοκληρωμένου δικτύου τηλεματικών υπηρεσιών και εφαρμογών στην υγεία στην Ελλάδα)
• 2003
  eEurope Award for eHealth
• 2006
  Δημιουργία έδρας Τεχνικής Ομάδας Υποστήριξης στην Αθήνα
• 2007
  • Πιστοποίηση κατά  ISO 9001:2000 (σήμερα ISO 9001:2015) για την Υλοποίηση Έργων Πληροφορικής στην Υγεία
  • Δημιουργία έδρας Τεχνικής Ομάδας Υποστήριξης στην Πάτρα
• 2009
  Ολοκλήρωση έργου "Ολοκληρωμένο Πληροφοριακό Σύστημα Υγείας και Υπηρεσίες ΤΠΕ του Γ΄ Πε.Σ.Υ.Π. Αττικής" 
• 2010
  Ολοκλήρωση έργου "Yλοποίηση Ολοκληρωμένου Πληροφορικού Συστήματος Υγείας του Α΄ Περιφερειακού Συστήματος Υγείας & Πρόνοιας Αττικής για λογαριασμό της 1ης Υγειονομικής Περιφέρειας Αττικής.
• 2011
  Πιστοποίηση των ιατρικών και νοσηλευτικών εφαρμογών του Ηλεκτρονικού Φακέλου Υγείας (Integrated Care Solutions - Medical, ICS-M) με την απόκτηση της «Σφραγίδας Ποιότητας Ηλεκτρονικού Φακέλου Υγείας, Επίπεδο 2» (EuroRec EHR Quality Seal Level 2) από τον ευρωπαϊκό οργανισμό EuroRec (www.eurorec.org).
• 2014
  Πιστοποίηση κατά  ISO 27001:2013 για την Υλοποίηση Έργων Πληροφορικής στην Υγεία.
• 2016
  Κατοχύρωση εμπορικού σήματος των εφαρμογών του Κέντρου Εφαρμογών και Υπηρεσιών Ηλεκτρονικής Υγείας.
• 2017
  Ολοκλήρωση έργου "Ολοκληρωμένο Πληροφοριακό Σύστημα Υγείας του Πε.Σ.Υ.Π. Δυτικής Ελλάδας"
• 2018
  Ολοκλήρωση έργου "Ολοκληρωμένο Πληροφοριακό Σύστημα Υγείας του Β' Πε.Σ.Υ.Π. Νοτίου Αιγαίου"
• 2019
  • Χρυσό Healthcare Business Award στην κατηγορία «ηλεκτρονική υγεία: ψηφιακές εφαρμογές για τη διαχείριση / υποστήριξη μονάδων υγείας» για την οικογένεια εφαρμογών Integrated Care Solutions^ΤΜ
  • Πρώτο βραβείο στο 1ο Hacking Health στην Αθήνα
  • 1o Βραβείο αντικτύπου στη βελτίωση υπηρεσιών υγείας Athens Health Datathon
  • Βραβείο υψηλού αντικτύπου στο ESMARTCITY Datathon
• 2020
  • Διάκριση του οικοσυστήματος του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας, μέσω του  Ινστιτούτου Πληροφορικής, ως Κέντρο Αναφοράς τεσσάρων αστέρων (4* Reference Site) στην Ευρωπαϊκή Σύμπραξη για την Καινοτομία στην Ενεργό και Υγιή Γήρανση
  • Ειδικό βραβείο από την ομάδα μεντόρων του Οικονομικού Επιμελητηρίου Ελλάδος (περιφερειακό τμήμα Ανατολικής Κρήτης) για την ανάπτυξη του επιχειρηματικού μοντέλου δημιουργίας startup στο 3ο Match & Develop a Startup Heraklion
  • Δύο βραβεία συμμετοχής στο πρόγραμμα ανάδειξης και υποστήριξης καινοτόμων ιδεών της BAYER στο 3ο Match & Develop a Startup Heraklion
  • Βραβείο καλύτερης ιδέας που επιβραβεύτηκε με απευθείας πρόκρισή στη Β’ Φάση του 11ου Διαγωνισμού Καινοτομίας & Τεχνολογίας της NBG Business Seeds της Εθνικής Τράπεζας της Ελλάδος στο 3ο Match & Develop a Startup Heraklion
• 2021
  • Ίδρυση HDHC PC
  • Δήλωση Ολοκλήρωσης Συμμόρφωσης IHE
  • Πιστοποίηση κατά  ISO 27799:2016 για τη Διαχείριση ασφάλειας πληροφοριών στην υγεία
  • Νικήτρια η ομάδα του Κέντρου Εφαρμογών και Υπηρεσιών ηλ-Υγείας στον 11ο διαγωνισμό Καινοτομίας & Τεχνολογίας της Εθνικής Τράπεζας 
• 2022
  • Πιστοποίηση κατά ISO 13485:2016 για το σύστημα ποιότητας που εφαρμόζει για τις υπηρεσίες σχεδιασμού, ανάπτυξης, προμήθειας, διαμόρφωσης και τεχνικής υποστήριξης Ιατροτεχνολογικών Λογισμικών για IN VITRO διαγνωστικά
  • Δήλωση Ολοκλήρωσης Συμμόρφωσης IHE