Ομιλία

An introduction to the Galaxy platform for computational biology
05.11.2018
Ομιλητής: Αλέξανδρος Καντεράκης, Βαγγέλης Κριτσωτάκης
Ημερομηνία: Δευτέρα 5 Νοεμβρίου, 2018 Ώρα: 10:00-13:00
Τοποθεσία: Αίθουσα 1, ΙΤΕ, Ηράκλειο
Host: Αλέξανδρος Καντεράκης

Abstract:

Το Galaxy είναι μία web-based πλατφόρμα ανοιχτού κώδικα για διαχείριση μαζικών δεδομένων στη περιοχή της γενετικής και της βιοϊατρικής έρευνας που στόχο έχει να καταστήσει την υπολογιστική βιολογία προσβάσιμη σε επιστήμονες και ερευνητές που έχουν μικρή εμπειρία στον προγραμματισμό ηλεκτρονικών υπολογιστών. Μέσω του Galaxy, οι χρήστες μπορούν (1) να επιλέξουν και να κάνουν χρήση μίας ευρείας συλλογής εργαλείων της βιοπληροφορικής, (2) να κάνουν upload/download και διαμοιρασμό δεδομένων, (3) να συνθέσουν ροές υπολογιστικής ανάλυσης, (4) να τις υποβάλουν για επεξεργασία σε κάποιο υπολογιστικό κέντρο υψηλής απόδοσης (π.χ. cluster), και (5) να οπτικοποιήσουν και να επιθεωρήσουν τα αποτελέσματα.

Με τη χρήση του Galaxy, η συνολική ανάλυση δομείται με τέτοιο τρόπο ώστε να είναι εύκολη και κατανοητή από άλλους χρήστες και να διευκολύνεται η αναπαραγωγή και ο διαμοιρασμός της. Χρησιμοποιείται κυρίως σε αναλύσεις σχετικές με sequence alignment, variant calling, variant annotation, RNA seq, CHIP-seq, 16S rRNA καθώς και σε άλλες κοινές εργασίες της βιοπληροφορικής, υποστηρίζοντας μία μεγάλη συλλογή από format σε αυτή τη περιοχή. Αν και αρχικά αναπτύχθηκε κυρίως για χρήση στην γονιδιωματική έρευνα, πλέον έχει επεκταθεί και χρησιμοποιείται ως ένα γενικό σύστημα διαχείρισης επιστημονικών ροών εργασίας. Λαμβάνοντας υπόψη τη λειτουργικότητά του, το Galaxy μπορεί να λειτουργήσει ως ένα άψογο frontend για ερευνητές που αποσκοπούν στην ενοποίηση των δεδομένων και την εξασφάλιση της αναπαραγωγιμότητας της ανάλυσής τους.

Bio:

Alexandros Kanterakis is a postdoctoral researcher at FORTH-ICS. He owns a PhD in Bioinformatics from the University of Groningen, Netherlands. His research interest are in open science, bioinformatics workflows for genetic analysis, pharmacogenomics, machine learning and web services for data and analysis integration.

Vangelis Kritsotakis is a technical staff member at FORTH-ICS. He received his MSc degree in Internet Computing from the University of Surrey and his BSc degree in Mathematics & Computer Science from the University of Sussex. His research interests lie in the areas of Biomedical Information Systems, Semantic Web, Information Modelling and Data Integration, Service Oriented Technologies and Big Data Processing.

Όροι Χρήσης | Πολιτική Προστασίας Δεδομένων Προσωπικού Χαρακτήρα